En conformité avec le décret n°2001-0193/PRF, le Comité national est chargé de mettre en oeuvre les mesures nécessaires à la lutte contre le terrorisme sur le territoire de la République de Djibouti et contre le terrorisme international. Il réflechit sur la conception et la mise en place des mécanismes internes de lutte contre le terrorisme en conformité avec les résolutions du Conseil de sécurité des Nations Unies.

Le Comité dispose de toute l’autorité nécessaire pour décider et prendre les mesures et actions appropriées pour prévenir et réprimer tout acte terroriste. Il est tenu de veiller au respect des engagements internationaux et à l’adhésion des conventions et protocoles internationaux relatifs au terrorisme. Il établit à  un rapport sur la situation et devra informer régulièrement le Président de la République et le Premier Ministre sur l’état d’avancement des travaux, des actions prises et des résultats atteints.